日本国内的禽流感疫情再次持续蔓延，截至29日，灾情最为严重的宫崎县发生疫情的养鸡场内就已经有超过50万只鸡遭到扑杀。遭受感染的地区还包括岛根县、爱知县、鹿儿岛县等其他地区。为了防止疫情继续扩大，日本政府以及各地方政府迅速采取了防控措施。
在此次爆发的禽流感疫情中，受灾最严重的地区是宫崎县。去年4月，口蹄疫曾在宫崎县内肆虐了4个多月，当时有大约29万头牛遭到宰杀。口蹄疫疫情给当地的畜牧业带来了巨大打击，其经济损失高达2350亿日元(约合人民币188亿元)。而这一次的禽流感疫情又是以宫崎县为中心集中爆发的，其中疫情最严重的新富町养鸡基地内遭到扑杀的鸡就多达41万多只。宫崎县知事甚至还向日本防卫省发出申请，要求政府派遣自卫队到当地协助扑杀、消毒工作。
自去年11月日本岛根县安来市的一家养鸡场发现高致病性禽流感以来，从本月21日到28日，宫崎县各地的5处养鸡场又陆续发现了禽流感疫情。与此同时，25日和26日两天，日本鹿儿岛县出水市和爱知县的丰桥市也相继出现了禽流感疫情。此外，在日本中部四国地区的高知县以及北部的北海道也相继发现了野生鸟类死亡事件。截至目前，日本共有10个县的17个地区发现了禽流感疫情，其中有8例是发生在养鸡场之中的。而根据统计，目前在发现疫情的各养殖场内遭到扑杀的鸡已经多达70万只左右。
与此同时，此次疫情已经开始造成日本部分地区鸡蛋和鸡肉价格的上涨。根据日本防疫法的规定，以发生疫情的农场为中心周边10公里范围内农场的农产品出货都将受到严格限制。而由于大阪府的鸡蛋和鸡肉的主要供货源是宫崎县和鹿儿岛县两地，因此大阪府市场上的鸡蛋价格目前已经上涨了5%左右。对此，日本农林水产省的官员表示，鸡蛋受病毒的影响较小，且处于限制区域内的肉鸡供应量还不足全国的1%，因此鸡蛋价格预计不会出现大幅涨价的局面。但还是有许多业内人士对疫情的蔓延非常担心，认为一旦事态长期化，将很可能对人们购买鸡蛋和鸡肉产生影响，甚至会导致蛋黄酱等周边产品的价格出现上涨。
对于病毒感染源的问题，目前日本的相关专家普遍认为是野生候鸟迁徙到日本过冬，把病毒带到了日本造成的。早在几个月前，日本各地就开始发现野生鸟类死于高致病性禽流感病毒。虽然日本政府在18日就已经发出通告，要求各地方政府针对野生鸟类的感染疫情采取防控措施，但最终还是未能阻止病毒入侵养鸡场。相关部门在调查后发现，大部分发生疫情的养鸡场内的防护网上面都开了洞口，可能有感染病毒的野生鸟类通过这些洞口钻进了鸡舍。而对于感染源来自何方，目前相关专家们的意见众说纷纭。此前，曾有媒体引用相关专家的分析称，这些携带病毒的候鸟来自北极地区。但同时也有专家认为，这些候鸟有可能是来自印度尼西亚等东南亚地区。另外，去年10月在北海道发现的一例病鸭身上所检查出的禽流感病毒与在蒙古国发现的病毒十分相似，因此，也有人说，这些候鸟可能来自西伯利亚等北部地区。
在宫崎县21日发现今年以来首例在养鸡场内的禽流感疫情后，日本政府随即成立了禽流感对策总部，包括日本首相菅直人在内的内阁成员都出席了会议商讨对策。宫崎县地方政府也立刻开始在疫区展开消毒和扑杀工作，并在其他养殖场内喷洒消毒水、搭建防护网，防止野生鸟类进入鸡舍。此外，日本政府22日还发布通告，要求各地方政府针对目前的疫情开展相关的防控工作。目前，日本大部分都道府县的地方政府都已经开始对地区内的养殖场进行逐一排查，并检查养殖场内的防护网、消毒等防控措施是否到位。
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